Prokuratuur menetleb kuritegusid koostöös järgmiste uurimisasutustega:
Prokuratuur ja Politsei- ja piirivalveamet teevad tihedat koostööd kuritegude uurimisel. Politsei kogub tõendeid, viib läbi eeluurimist ning esitab süüdistused prokuratuurile. Prokuratuur omakorda hindab politsei kogutud tõendeid ja otsustab, kas alustada kriminaalmenetlust ning esitada süüdistus kohtule.
Koostöö prokuratuuri ja Kaitsepolitseiameti vahel on oluline, et tagada Eesti riikliku julgeoleku ja õigussüsteemi tõhus kaitse ning võidelda tõhusalt julgeolekuriskidega seotud kuritegude vastu.
Prokuratuur töötab koos maksu- ja tolliametiga, et võidelda maksudest kõrvalehoidmise, maksupettuste ja rahapesuga seotud kuritegude vastu. Maksu- ja tolliamet kogub finantsteavet ning esitab prokuratuurile asjakohased tõendid, et alustada uurimist ja esitada süüdistused.
Prokuratuuri ja Konkurentsiameti koostöö eesmärk on tagada, et konkurentsiõiguse rikkumised avastatakse, uuritakse ning süüdlased võetakse vastutusele. Selline koostöö aitab luua ausamat ja tervislikumat ärikeskkonda, kus ettevõtted saavad tegutseda võrdsetel alustel ning tarbijad saavad nautida mitmekesist ja taskukohast valikut.
Prokuratuuri ja Keskkonnaameti koostöö eesmärk on tagada keskkonnaalaste õigusrikkumiste tõhus uurimine ja süüdlaste vastutusele võtmine. Selline koostöö aitab kaitsta ja säilitada Eesti keskkonda ning edendada säästvat arengut.
Prokuratuur ja Kaitseväe peastaap teevad kuritegude uurimisel koostööd. Prokuratuur juhib kriminaalmenetlust ning esindab riiklikku süüdistust. Sõjaväepolitsei kogub vajalikke tõendeid ja esitab informatsiooni, mis on seotud kuriteo asjaoludega.
