Прокуратура – это правительственное учреждение, находящееся в сфере управления Министерства юстиции. Прокуратура является независимой при исполнении своих вытекающих из закона задач, действует исходя из законов и вынесенных на их основании правовых актов.
Прокуратура руководит досудебным уголовным производством, обеспечивая его законность и результативность; поддерживает в суде государственное обвинение, участвует в планировании розыскной деятельности, необходимой для пресечения и раскрытия преступлений, а также выполняет иные возложенные на прокуратуру законом обязанности. Прокуратура, в качестве руководящего уголовным производством учреждения, дает направления следственным учреждениям при сборе доказательств и в соответствии с установленными обстоятельствами принимает решение о предъявлении обвинения лицам. Прокуратура ведет производство преступлений в сотрудничестве со следующими следственными учреждениями: Департамент полиции и погранохраны, Департамент полиции безопасности, Налогово-таможенный департамент, Департамент по делам конкуренции, Инспекция по охране окружающей среды и Генеральный штаб сил обороны.
Прокуратура состоит из двух инстанций - Государственной прокуратуры, как вышестоящего органа, и четырех окружных прокуратур.
Районом деятельности Государственной прокуратуры является вся Эстония, районы деятельности окружных прокуратур совпадают с районами деятельности префектур. Прокуратурой руководит генеральный прокурор государства, который назначается на должность на пять лет.
Окружную прокуратуру возглавляет ведущий прокурор, который также назначается на должность на пять лет.